Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::RMSDCoreData
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_cutoff : PLMD::isdb::SAXS
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• saxs : PLMD::isdb::SAXS
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External, PLMD::eds::EDS, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::BF_Wavelets, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalec : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::Position, PLMD::vatom::FixedAtom
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalem : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalep : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaling : PLMD::piv::PIV
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• score : PLMD::maze::Member
• score_best_ : PLMD::maze::Memetic
• score_worst_ : PLMD::maze::Memetic
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• seed : PLMD::analysis::FarthestPointSampling, PLMD::analysis::LandmarkStaged, PLMD::analysis::SelectRandomFrames, PLMD::bias::ABMD
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• serial : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::piv::PIV, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• setup_completed : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• sf : PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix, PLMD::multicolvar::FilterLess, PLMD::multicolvar::FilterMore, PLMD::vesselbase::LessThan, PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::Bridge, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XYTorsion
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::Bridge
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sfrac : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• shape : PLMD::TypesafePtr, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• sharedData : PLMD::piv::PIV
• sharedData_unique : PLMD::piv::PIV
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::SwitchingFunction
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• shuffledAtoms : PLMD::Atoms
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• sigma : PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::FlexibleBin, PLMD::multicolvar::ActionVolume, PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• sigma_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_max_est_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_last_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamax_opt_done_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• sigmas_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_VonMises
• sigmaSqr_ : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::gridtools::ConvertToFES
• size : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data, PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• size_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::ves::CoeffsMatrix
• slope : PLMD::bias::Restraint, PLMD::funnel::Funnel
• smap_tol : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• smapbase : PLMD::dimred::SketchMapBase
• smoothening_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• solv_stride : PLMD::isdb::SAXS
• sort_indices : PLMD::MultiValue
• sort_vector : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• sp : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel, PLMD::Subprocess::Handler
• spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• sqrt2_pi_ : PLMD::isdb::EMMI
• sqrtn : PLMD::adjmat::Sprint
• sqrtweight : PLMD::ReferenceArguments
• squared : PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
• starts : PLMD::crystallization::GradientVessel
• stash : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• stashes : PLMD::analysis::Histogram
• state : PLMD::Stopwatch::Watch
• stateOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• static_grid_calculated : PLMD::ves::TargetDistribution
• static_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• status : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• status_file_name_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• statusfile_ : PLMD::isdb::EMMI
• statusfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
• statusstride_ : PLMD::isdb::EMMI
• step : PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::PlumedMain, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• step_initial : PLMD::logmfd::LogMFD
• step_of_last_biasgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_biaswithoutcutoffgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_fesgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_size_ : PLMD::eds::EDS
• steps_pressure_ : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• steps_temp_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• stepsizes_ : PLMD::ves::Optimizer
• stop : PLMD::generic::Plumed, PLMD::Stopwatch::Handler
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopFlag_fwd : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• stopwatch : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• stopwatch_fwd : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• store_director : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• store_norm : PLMD::gridtools::FourierTransform
• stored_biases : PLMD::bias::ReweightWham
• storeOldGrids_ : PLMD::bias::MetaD
• storeOldStates_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• str_max : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::GridBase
• str_min : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::GridBase
• stream : PLMD::Exception
• stretch : PLMD::SwitchingFunction
• stretchA : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stretchB : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stride : PLMD::ActionPilot, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• stride_ : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• style : PLMD::Keywords::KeyType, PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• suffix : PLMD::PlumedMain
• sum_weights2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_weights_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_x : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sum_x_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sumlen : PLMD::mapping::PathReparameterization
• svd : PLMD::isdb::RDC
• Svol : PLMD::piv::PIV
• sw : PLMD::piv::PIV
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::colvar::Coordination, PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::Steinhardt, PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers, PLMD::multicolvar::LocalAverage, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder, PLMD::multicolvar::VolumeInSphere
• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• symmetric : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• sz : PLMD::Matrix< T >