Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- d -

• D : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• d : PLMD::RMSDCoreData, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• d0 : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::SwitchingFunction
• dampfactor_ : PLMD::bias::MetaD
• damping_off_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• data : PLMD::DataFetchingObjectTyped< T >, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::Matrix< T >, PLMD::molfile::molfile_graphics_t, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• data_label_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• database : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• dataCanBeSet : PLMD::Atoms
• dataCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataname : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
• dataR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• date : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• db : PLMD::isdb::CS2Backbone
• dbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dcenter_cos : PLMD::vatom::Center
• dcenter_sin : PLMD::vatom::Center
• dcross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dd : PLMD::Atoms
• ddist_drotation : PLMD::RMSDCoreData
• ddist_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• ddistdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DDistDRef : PLMD::generic::FitToTemplate
• ddStep : PLMD::Atoms
• debugClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• decay_constant_ : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• decay_w_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• decaying_aver_tau_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• decoder : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• defaults : PLMD::Action
• delete_reference : plumed_symbol_table_type_x
• delta_g_ref : PLMD::colvar::EEFSolv
• delta_kernels_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• delta_t : PLMD::logmfd::LogMFD
• deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaF_name_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaF_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaFsOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• DeltaG : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• DeltaGValues : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• der_ : PLMD::Grid, PLMD::SparseGrid
• der_list : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• der_prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• derECVs_ : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::OPESexpanded
• derECVs_beta_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• derECVs_pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• derivatives : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::MultiValue, PLMD::Value, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• derivOrder : PLMD::lepton::Operation::Custom
• derivs : PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::multicolvar::CatomPack
• derivs_s : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivs_z : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivTime : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• dertime : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• dertime_can_be_off : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• description_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer
• detailedTimers : PLMD::generic::Debug, PLMD::PlumedMain
• deuter_conc : PLMD::isdb::SAXS
• deviceid : PLMD::isdb::SAXS
• dexp_ : PLMD::isdb::EMMI
• dfframes : PLMD::mapping::Mapping
• Dftilde_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• diag : PLMD::Pbc
• diagonal_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::TD_Gaussian
• diagonal_hessian_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• diff_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• differences_ : PLMD::eds::EDS
• diffweight : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• dij : PLMD::multicolvar::Bridge
• dik : PLMD::multicolvar::Bridge
• dim : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dim_string_prefix : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dimension : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >, PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::gridtools::GridVessel
• dimension_ : PLMD::GridBase, PLMD::ves::TargetDistribution
• dimension_labels_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• dimredbase : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase
• dir : PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• dir_n : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• direct : PLMD::piv::PIV
• direction : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• directions : PLMD::dimred::PCA, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• directory : PLMD::generic::Plumed
• dirv : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• dirv2 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• disabled : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister
• discrete : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• disp_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• displace : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• displacement : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::ReferenceValuePack
• displacement2 : PLMD::mapping::AdaptivePath
• dissimilarities : PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• dist : PLMD::RMSDCoreData
• dist_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD
• distance : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• distance_ : PLMD::NeighborList
• distanceIsMSD : PLMD::RMSDCoreData
• distanceOHSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• distanceOOSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• distances : PLMD::dimred::SketchMapBase
• distder : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• distGrid_ : PLMD::ves::TD_Grid
• distribution_pntrs_ : PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• distribution_x_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• dlbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dlcross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dlloader : PLMD::PlumedMain
• dlloader_fwd : PLMD::PlumedMain
• dlperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dmax : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::SwitchingFunction
• dmax2 : PLMD::colvar::GHBFIX
• dmax_2 : PLMD::SwitchingFunction
• dmax_squared : PLMD::colvar::GHBFIX
• do_central : PLMD::function::Ensemble
• do_cosine : PLMD::colvar::Torsion
• do_moments : PLMD::function::Ensemble
• do_optsigmamean_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_pair_ : PLMD::NeighborList
• do_pbc_ : PLMD::NeighborList
• do_pf_ : PLMD::bias::PBMetaD
• do_powers : PLMD::function::Ensemble
• do_reweight : PLMD::function::Ensemble
• do_reweight_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_select_ : PLMD::bias::PBMetaD
• do_transf_ : PLMD::ves::BF_Custom
• doCheckPoint : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• docmdist : PLMD::colvar::ContactMap
• docomp : PLMD::colvar::ContactMap
• documentation : PLMD::Keywords
• docylinder : PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• doemst : PLMD::generic::WholeMolecules
• Doffset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doInt : PLMD::function::FuncSumHills
• doInt_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::BiasRepresentation
• domain : PLMD::analysis::AverageVessel
• domains : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::MultiDomainRMSD
• done_average : PLMD::bias::MaxEnt
• doneigh : PLMD::piv::PIV
• donotforce : PLMD::ActionAtomistic
• donotretrieve : PLMD::ActionAtomistic
• doNotStop : PLMD::analysis::Committor
• dooffset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doParseOnly : PLMD::PlumedMain
• doratio : PLMD::isdb::PRE
• doregres_zero_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doscale_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doscore_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dosort : PLMD::piv::PIV
• dospline_ : PLMD::GridBase
• dosum : PLMD::colvar::ContactMap
• dox : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doy : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doz : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• dpcutoff_ : PLMD::isdb::EMMI
• dperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• drmsd_ : PLMD::colvar::DRMSD
• drotation_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• drotationPosCloseDrr01 : PLMD::colvar::PathMSDBase
• DRotDPos : PLMD::ReferenceValuePack
• drotdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DS : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• Dscale_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dscale_ : PLMD::isdb::EMMI
• dsigma : PLMD::colvar::Dimer
• Dsigma_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dsigma_ : PLMD::isdb::EMMI
• dsigmas : PLMD::colvar::Dimer
• DSMEM : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• dtargets : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::SketchMapBase
• dtype : PLMD::KernelFunctions
• dummyVariables : PLMD::lepton::CompiledExpression
• dvar : PLMD::isdb::Caliber
• dx : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• dx_ : PLMD::GridBase
• dynamic_targetdist_ : PLMD::ves::VesBias
• dynamic_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• dynamic_targetdists_ : PLMD::ves::Optimizer