Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- a -

• A : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::SwitchingFunction
• a1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• aa_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• ablocks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• acc_ : PLMD::bias::MetaD
• acc_restart_mean_ : PLMD::bias::MetaD
• acceleration_ : PLMD::bias::MetaD
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• action : PLMD::FileBase, PLMD::function::FilesHandler, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::Vessel, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• action_pntr_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• actionIsBridged : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• actions : PLMD::Atoms
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• actionSet_fwd : PLMD::PlumedMain
• activated : PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• activations : PLMD::function::annfunc::ANN
• active : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::PlumedMain, PLMD::ves::CoeffsBase
• active_der : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• active_elements : PLMD::adjmat::Sprint
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• adamw_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• adaptation_ : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• adaptive_counter_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_stride_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addOneKernelAtATime : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addref : PLMD::generic::WholeMolecules
• adj_list : PLMD::adjmat::DFSClustering, PLMD::adjmat::OutputCluster
• after : PLMD::Action
• afterCalculate_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• alignment : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all_deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_values : PLMD::dimred::SketchMapRead
• all_values_inside : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• allArguments : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• allow_bias_cutoff_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allthirdblockintasks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• allWereDeactivated : PLMD::DynamicList< T >
• ALPHA : PLMD::funnel::Funnel
• alpha : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::crystallization::Fccubic, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• alpha_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alpha_vector_ : PLMD::eds::EDS
• alpha_vector_2_ : PLMD::eds::EDS
• alphaOfile_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alphas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AM : PLMD::Random
• amsgrad_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• anchor : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• angleSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• anneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• API : PLMD::generic::Plumed
• apply_weights : PLMD::bias::MaxEnt
• approach : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• arg_data : PLMD::PDB
• arg_der_index : PLMD::ReferenceArguments
• arg_names : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::ReferenceArguments
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::GridBase, PLMD::PDB
• args : PLMD::analysis::DataCollectionObject, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::TargetDist
• args_ : PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::ves::CoeffsBase
• args_pntrs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• argT_derivf_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• argument_names : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• arguments : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• argv : PLMD::CLToolMain
• argValues : PLMD::lepton::CompiledExpression
• assertion : PLMD::Exception::Assertion
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• asyncSent : PLMD::Atoms
• at : PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::UWalls, PLMD::manyrestraints::LWalls, PLMD::manyrestraints::UWalls
• atLeastOneSet : PLMD::MultiValue
• atm_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atoi : PLMD::isdb::SAXS
• atom : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• Atom0 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• Atom1 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• atom_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• atom_der_index : PLMD::ReferenceAtoms
• atom_indices : PLMD::ReferenceValuePack
• atom_lab : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atom_numbers : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomNames_ : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• AtomResidueName : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GREX, PLMD::PlumedMain, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms_fwd : PLMD::PlumedMain
• atoms_masses : PLMD::isdb::SAXS
• atoms_per_bead : PLMD::isdb::SAXS
• atomsin : PLMD::adjmat::OutputCluster
• atomsNeeded : PLMD::Atoms
• atomsWereRetrieved : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• aux_coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• av_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_cv_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_d2V_dAlpha2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_prod_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_M2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_stride_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• aver_counters : PLMD::ves::VesBias
• aver_gradient_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• average : PLMD::FlexibleBin
• average_weights_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• average_weights_stride_ : PLMD::isdb::Metainference
• averaging_counter : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_exp_decay_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• aves : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• avg_counter : PLMD::bias::MaxEnt
• avg_coupling_count_ : PLMD::eds::EDS
• avglambda : PLMD::bias::MaxEnt
• avglambda_restart : PLMD::bias::MaxEnt
• avgstep : PLMD::bias::MaxEnt
• avgx : PLMD::bias::MaxEnt
• ax : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >