Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- n -

• N : PLMD::isdb::SAXS
• n : PLMD::colvar::GHBFIX
• N_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• n_global_iterations_ : PLMD::maze::Memetic
• n_i_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• n_interpolation_ : PLMD::fisst::FISST
• n_iter_ : PLMD::maze::Optimizer
• n_local_iterations_ : PLMD::maze::Memetic
• n_matrix() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• N_optimized_step_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• n_samples_ : PLMD::fisst::FISST
• n_tempering_options_ : PLMD::bias::MetaD
• n_threads_ : PLMD::maze::Optimizer
• n_vector() : PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• nactive : PLMD::DynamicList< T >
• nactive_atoms : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• nactive_tasks : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• nallpairs_ : PLMD::NeighborList
• name : PLMD::Action, PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::FileBase::FieldBase, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Random, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::Value
• name_stem : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• names : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::function::Custom, PLMD::generic::DumpAtoms
• NANDELTA : PLMD::lepton::Operation
• Nandelta() : PLMD::lepton::Operation::Nandelta
• nanneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• narg : PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nargs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• nativeq : PLMD::SwitchingFunction
• Natm : PLMD::piv::PIV
• natoms : PLMD::Atoms, PLMD::ERMSD, PLMD::molfile::md_header, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• naturalUnits : PLMD::Atoms
• nbasins : PLMD::analysis::Committor
• nbasis_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nbasisf_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• nbiases_ : PLMD::ves::Optimizer
• nbin : PLMD::gridtools::GridVessel
• nbin_ : PLMD::GridBase
• NBINS : PLMD::funnel::Funnel
• nbins : PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::FindSphericalContour, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• nbins_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• NBINZ : PLMD::funnel::Funnel
• nblock : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• nblocks : PLMD::IntermolecularDRMSD, PLMD::IntramolecularDRMSD
• nbytes : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data
• Nc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ncart : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• ncells : PLMD::LinkCells
• ncenters_ : PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• ncentral : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• NCG : PLMD::isdb::JCoupling
• ncoeffs_ : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• ncoeffs_total_ : PLMD::ves::VesBias
• ncoeffssets_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• ncol_t : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactMatrix
• ncols() : PLMD::Matrix< T >
• ncolumns_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• ncomponents : PLMD::crystallization::GradientVessel, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• ncoupl_ : PLMD::isdb::JCoupling
• ncv_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• ncvs_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• ncycles : PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• ndata : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• nder : PLMD::crystallization::VectorMean, PLMD::crystallization::VectorSum
• nderivatives : PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::MultiValue
• ndim : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::KernelFunctions
• ndimensions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• ndist_ : PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• NDIV : PLMD::Random
• ndonor_types : PLMD::adjmat::HBondMatrix, PLMD::pamm::HBPammMatrix
• needs_bias_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_bias_withoutcutoff_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_fes_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needsDerivatives() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• NEGATE : PLMD::lepton::Operation
• Negate() : PLMD::lepton::Operation::Negate
• negativebias : PLMD::function::FuncSumHills
• neigh_size : PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• neigh_stride : PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• neigh_tot : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• NEIGHBOR : PLMD::ExchangePatterns
• neighbor_list_ : PLMD::maze::Optimizer
• NeighborList() : PLMD::NeighborList
• neighbors_ : PLMD::NeighborList
• neighpair : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• nelem : PLMD::TypesafePtr, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• nested : plumed_error
• nestedExceptions : PLMD::PlumedMain
• newbox : PLMD::generic::ResetCell
• nexp_ : PLMD::isdb::EMMI
• next_cauchy() : PLMD::maze::rnd
• next_double() : PLMD::maze::rnd
• next_int() : PLMD::maze::rnd
• next_plmd_vector() : PLMD::maze::rnd
• next_std_vector() : PLMD::maze::rnd
• nfgrid : PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• nframes : PLMD::colvar::PathMSDBase
• nga : PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE
• nh : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• nimag : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• nintcoords : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• nl : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::piv::PIV, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• nl_ : PLMD::isdb::EMMI
• nl_buffer : PLMD::colvar::EEFSolv
• nl_cutoff_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer
• nl_skin : PLMD::piv::PIV
• nl_stride : PLMD::colvar::EEFSolv
• nl_stride_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer
• nl_tolerance : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• nl_update : PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• nlall : PLMD::piv::PIV
• nlandmarks : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• nlcom : PLMD::piv::PIV
• nlexpo : PLMD::colvar::EEFSolv
• nlinesPerStep : PLMD::generic::Read
• Nlist : PLMD::piv::PIV, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• nlist0_ : PLMD::NeighborList
• nlist1_ : PLMD::NeighborList
• nlist_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_center_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_dev2_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_hills_ : PLMD::bias::MetaD
• nlist_index_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_pace_reset_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_param_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_steps_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_update_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• nlow : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• NLsize : PLMD::piv::PIV
• NMARTINI : PLMD::isdb::SAXS
• Nn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• nn : PLMD::SwitchingFunction
• nneigh : PLMD::adjmat::DFSClustering, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• nnodes : PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• no_aver_ : PLMD::isdb::EMMI
• no_broadcast : PLMD::bias::MaxEnt
• no_third_dim_accum : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• no_Zed_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• noAnalyticalDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• noAverage() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• nodeIsActive() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• noderiv : PLMD::ActionWithValue, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• noDerivatives() : PLMD::gridtools::GridVessel
• nodesAreConnected() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• noDiscreteKernels() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• NOE() : PLMD::isdb::NOE
• noEOL : PLMD::IFile
• nohistory : PLMD::function::FuncSumHills
• noise_ : PLMD::isdb::EMMI
• noise_type_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• noname : PLMD::Random
• NONE : PLMD::ExchangePatterns
• none : PLMD::FlexibleBin
• NONEBEAD : PLMD::isdb::SAXS
• noNormalization() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• nopbc : PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::DRMSD, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::vatom::Center
• norder_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nores_ : PLMD::isdb::Rescale
• norm : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• norm_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• normaliz : PLMD::crystallization::Steinhardt
• normalization : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• normalization_ : PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• normalize : PLMD::function::Combine, PLMD::KernelFunctions
• normalizeCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsVector
• normalized : PLMD::Direction
• NormalizedEuclideanDistance() : PLMD::NormalizedEuclideanDistance
• NormalizeForceWeights() : PLMD::fisst::FISST
• normalizeGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• normalizeTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• normalizeVector() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::LocalAverage, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• normalizeVectorDerivatives() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• normalmodes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• normVect : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• normw : PLMD::dimred::SketchMapBase
• noStretchWarning() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• noStretchWarningDone : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• not_in : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• note : PLMD::Exception
• notperiodic : PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• novirial : PLMD::generic::Debug, PLMD::PlumedMain
• novoronoi : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• noweights : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• Np : PLMD::isdb::CS2Backbone
• nper : PLMD::gridtools::GridVessel
• npoints : PLMD::dimred::SketchMapPointwise, PLMD::gridtools::GridVessel
• Nprec : PLMD::piv::PIV
• nProc : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• nproc : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• nprocessors : PLMD::DynamicList< T >
• nquantities : PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::multicolvar::ActionVolume
• nranks : PLMD::colvar::Dimer
• nre : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• nregres_ : PLMD::isdb::EMMI
• nregres_zero_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nrep : PLMD::bias::MaxEnt
• nrep_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• nreplicas : PLMD::bias::ReweightWham
• nres : PLMD::isdb::SAXS
• nresidues : PLMD::ERMSD
• nrows() : PLMD::Matrix< T >
• nrows_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• NS : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• nsel_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• NSMEM : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• nspace : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• nstride : PLMD::LinkCells
• nt_env_set : PLMD::OpenMPVars
• NTAB : PLMD::Random
• NTT : PLMD::isdb::SAXS
• nuc_charge : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• nucleus : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• num_basis_atoms : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_basis_funcs : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_charge_sets : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_electrons : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_layers : PLMD::function::annfunc::ANN
• num_nodes : PLMD::function::annfunc::ANN
• num_occupied_A : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_occupied_B : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_orbitals_per_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_prim_per_shell : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_scfiter : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_shells : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_shells_per_atom : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_threads : PLMD::OpenMPVars
• num_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• numArgs : PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• numAtoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• Number : PLMD::lepton::ParseToken
• number2index : PLMD::PDB
• number_of_cluster : PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::OutputCluster
• numbered() : PLMD::Keywords
• numberForCentralAtom : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• numberOfArgs : PLMD::ReferenceValuePack
• numberOfAtomsPerResidueInBackbone() : PLMD::MolDataClass
• numberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numberOfBiases() : PLMD::ves::Optimizer
• numberOfCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::VesBias
• numberOfCoeffsSets() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• numberOfDimensions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• NumberOfLinks() : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• NumberOfReplicas : PLMD::ExchangePatterns
• numbers : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::PDB
• numdefs : PLMD::Keywords
• numerators : PLMD::function::FuncPathGeneral
• numerical_uniform_integrals_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• numericalDerivatives : PLMD::ActionWithValue
• numericalTargetDistributionIntegralsFromGrid() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numericalUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numlab : PLMD::vesselbase::Vessel, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• NumOMP_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• NumParallel_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• NumWalkers_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• numXtraDists : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• nvectors : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation
• nweights : PLMD::crystallization::GradientVessel