Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- m -

• m : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::MetricRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• m_deriv : PLMD::piv::PIV
• m_PIVdistance : PLMD::piv::PIV
• m_virial : PLMD::piv::PIV
• MahalanobisDistance() : PLMD::MahalanobisDistance
• main() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::mapping::PathTools, PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• make_unique() : PLMD::Tools
• makeWhole() : PLMD::ActionAtomistic
• makewhole : PLMD::adjmat::OutputCluster
• Manual() : PLMD::cltools::Manual
• ManyRestraintsBase() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• map_ : PLMD::SparseGrid
• Mapping() : PLMD::mapping::Mapping
• MarginalWeight() : PLMD::ves::MarginalWeight
• mass : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Units, PLMD::vatom::FixedAtom
• mass_ : PLMD::vatom::Center
• massAndChargeOK : PLMD::Atoms
• masses : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::generic::Plumed
• massesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• massString : PLMD::Units
• master : PLMD::function::Ensemble, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• mat : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• matheval : PLMD::SwitchingFunction
• mating() : PLMD::maze::Memetic
• mating_rate_ : PLMD::maze::Memetic
• matmul : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• Matrix() : PLMD::Matrix< T >
• matrix : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• MatrixColumnSums : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::MatrixColumnSums
• matrixElementIsActive() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• matrixOut : PLMD::Matrix< T >
• MatrixRowSums : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::MatrixRowSums
• MatrixSquareBracketsAccess : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• matsums : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• MAX : PLMD::lepton::Operation
• Max() : PLMD::Communicator, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::vesselbase::Max
• max : PLMD::gridtools::FindSphericalContour, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::HistogramBead, PLMD::pamm::PammObject, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Value
• max_ : PLMD::GridBase
• max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• max_coupling_grad_ : PLMD::eds::EDS
• max_coupling_range_ : PLMD::eds::EDS
• max_cs_atoms : PLMD::isdb::CS2Backbone
• max_force_ : PLMD::fisst::FISST
• max_logweight_ : PLMD::eds::EDS
• max_lowmem_stash : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• max_minus_min : PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• max_press_ : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• max_smap : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• max_temp_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• maxArgs : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• maxbins : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• maxconnections : PLMD::adjmat::DumpGraph
• MAXCYCLES : PLMD::mapping::PathReparameterization
• maxdepth : PLMD::adjmat::OutputCluster
• maxderivatives : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• maxdim : PLMD::GridBase
• maxDistance() : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• maxeig : PLMD::adjmat::Sprint
• MaxEnt() : PLMD::bias::MaxEnt
• maxgoes : PLMD::adjmat::OutputCluster
• maxima_ : PLMD::ves::TD_Grid, PLMD::ves::TD_Uniform
• maxiter : PLMD::bias::ReweightWham, PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• maxloops : PLMD::dimred::SmacofMDS
• maxrank : PLMD::TypesafePtr
• MAXS : PLMD::funnel::Funnel
• maxsize_ : PLMD::GridBase
• MaxSurf : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• MCaccept_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MCacceptFT_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MCacceptScale_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MCaccgamma_ : PLMD::isdb::Rescale
• MCchunksize_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MCfirst_ : PLMD::isdb::Rescale
• mcomp : PLMD::isdb::Caliber
• MCsteps_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• MCstride_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Rescale
• MCtrial_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MCtrials_ : PLMD::isdb::EMMI
• MD2double() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• md_energy : PLMD::Atoms
• MD_LinearExpansionPES() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• mdatoms : PLMD::Atoms
• MDEngine : PLMD::PlumedMain
• mdiag : PLMD::Pbc
• MDnaturalUnits : PLMD::Atoms
• MDUnits : PLMD::Atoms
• Mean() : PLMD::vesselbase::Mean
• mean() : PLMD::maze::tls
• mean_alpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• mean_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• mean_weight_tau_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• means_ : PLMD::eds::EDS
• Member() : PLMD::maze::Member
• member_best_ : PLMD::maze::Memetic
• members_ : PLMD::maze::Memetic
• Memetic() : PLMD::maze::Memetic
• memFusionP() : PLMD::membranefusion::memFusionP
• memory : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• mergeInputDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• mergeKernels() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• mergeSortedVectors() : PLMD::Tools
• message : PLMD::lepton::Exception
• MET : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• MET_BB : PLMD::isdb::SAXS
• MET_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• meta : PLMD::logmfd::LogMFD
• MetaD() : PLMD::bias::MetaD
• metader_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Metainference() : PLMD::isdb::Metainference
• MetainferenceBase() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• methyl : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• metric : PLMD::ReferenceArguments
• mfict : PLMD::logmfd::LogMFD
• MGAUSS : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MIN : PLMD::lepton::Operation
• Min() : PLMD::Communicator, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::vesselbase::Min
• min : PLMD::bias::ABMD, PLMD::gridtools::FindSphericalContour, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::HistogramBead, PLMD::pamm::PammObject, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Value
• min_ : PLMD::GridBase
• min_force_ : PLMD::fisst::FISST
• min_press_ : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• min_temp_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• minima_ : PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_Exponential, PLMD::ves::TD_Grid, PLMD::ves::TD_Uniform
• minimise() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >, PLMD::dimred::SketchMapBase, PLMD::dimred::SketchMapConjGrad, PLMD::dimred::SketchMapPointwise, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::dimred::SketchMapSmacof, PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Minimise1DBrent() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• MinimiseBase() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• minimised : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• minimization_step_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• MINS : PLMD::funnel::Funnel
• minTOzero : PLMD::function::FuncSumHills
• mintozero : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• mixparam : PLMD::dimred::SketchMapBase
• mk : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• mm : PLMD::SwitchingFunction
• mode : PLMD::FileBase, PLMD::xdrfile::XDRFILE
• ModelType : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• modeltype_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• modifyForceOnEnergy() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyForceOnExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyForces() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalForce() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalPbc() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalVirial() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyVirial() : PLMD::ActionAtomistic
• modulo() : PLMD::VectorGeneric< n >
• modulo2() : PLMD::VectorGeneric< n >
• moldat_ : PLMD::Tree
• MoleculeOrientation() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation
• MoleculePlane() : PLMD::crystallization::MoleculePlane
• molfile_lock() : PLMD::Tools
• moment : PLMD::function::Ensemble
• Moments() : PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• monitor_instantaneous_gradient_ : PLMD::ves::Optimizer
• MoreThan() : PLMD::vesselbase::MoreThan
• MOUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• moveReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• moveScaleOffset() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveSigmas() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveTilde() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MovingRestraint() : PLMD::bias::MovingRestraint
• mpi_gatherActiveMembers : PLMD::DynamicList< T >
• mpi_id_ : PLMD::bias::PBMetaD
• mpi_nw_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• mpi_request_index : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• mpi_request_positions : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• mpiSumValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• msdv : PLMD::colvar::PathMSDBase
• msg : PLMD::Exception
• mt_eng() : PLMD::maze::rnd
• mtype : PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::PDB
• mu_s : PLMD::isdb::RDC
• mult : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::Matrix< T >
• multi : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::KernelFunctions
• multi_prop_ : PLMD::eds::EDS
• multi_sim_comm : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• multi_sim_comm_fwd : PLMD::PlumedMain
• multicoeffs_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• multicoeffs_args_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• multicoeffs_basisf_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• MultiCoeffs_LinearBasisSet : PLMD::ves::CoeffsBase
• MultiColvarBase : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• MultiColvarCombine() : PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine
• MultiColvarDensity() : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• MultiColvarFilter : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• MultiColvarFunction : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• MultiColvarProduct() : PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct
• MultiDomainRMSD() : PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::ReferenceValuePack
• multiLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• multiplicity : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• MULTIPLY : PLMD::lepton::Operation
• Multiply() : PLMD::lepton::Operation::Multiply
• MULTIPLY_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• MultiplyConstant() : PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant
• multiplyWithValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• MultiRMSD() : PLMD::colvar::MultiRMSD
• multiSimSumAverages() : PLMD::ves::VesBias
• MultiValue() : PLMD::MultiValue
• multivariate : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian
• mutation() : PLMD::maze::Memetic
• mutation_rate_ : PLMD::maze::Memetic
• mvectors : PLMD::analysis::Histogram
• mw_dir_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• mw_id_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• mw_n_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• mw_rstride_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• mwalkers_mpi_single_files_ : PLMD::ves::Optimizer
• my_analysis_object : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• my_data_stash : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• my_input_data : PLMD::analysis::AnalysisBase
• my_repl : PLMD::function::Ensemble
• my_tmp_capacks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• my_tmp_val : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• my_tmp_vals : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• myaction : PLMD::analysis::DataCollectionObject
• myactions : PLMD::DataFetchingObject
• myatoms : PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• myaverage : PLMD::analysis::Average, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• mybase : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• mybasedata : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• mybasemulticolvars : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• myBridgeVessel : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• myc : PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XDistances
• myc1 : PLMD::multicolvar::XYDistances, PLMD::multicolvar::XYTorsion
• myc2 : PLMD::multicolvar::XYDistances, PLMD::multicolvar::XYTorsion
• myclass_func : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >, PLMD::MinimiseBase< FCLASS >, PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• myclusters : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::adjmat::OutputCluster
• mycolv : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• mycomm : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• mycomm_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• mycomp : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::DumpCube, PLMD::gridtools::GridToXYZ, PLMD::vesselbase::ValueVessel
• mycomponent : PLMD::vesselbase::Moments
• mydata : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• mydatafetcher : PLMD::PlumedMain
• myderiv_vessel : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• mydir : PLMD::mapping::PathReparameterization
• mydpack : PLMD::mapping::PathReparameterization
• mydpack1 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mydpack2 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mydpack3 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• myenergy : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure
• myfatoms : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• myfgrid : PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
• myframes : PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::mapping::Mapping
• myfvals : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• mygrid : PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
• myhb_objs : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• myhist : PLMD::analysis::Histogram
• myiter : PLMD::function::FuncPathMSD
• mylabel : PLMD::vesselbase::Vessel, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• mylandmarks : PLMD::analysis::ReselectLandmarks
• mylinks : PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• mylog : PLMD::Stopwatch
• mymap : PLMD::mapping::SpathVessel, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mymatrix : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::DumpGraph
• mymin : PLMD::gridtools::ContourFindingBase, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• mymulti : PLMD::pamm::HBPammObject
• myname : PLMD::vesselbase::Vessel, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• mynumerical_values : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• myOutputAction : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• myOutputValues : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• mypack : PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::function::Target, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::mapping::PCAVars
• mypack1 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mypack1_stashd_args : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mypack1_stashd_atoms : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mypack2 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mypack3 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• mypamm : PLMD::pamm::HBPammObject, PLMD::pamm::PAMM
• mypath : PLMD::mapping::PathReparameterization
• mypathv : PLMD::mapping::AdaptivePath
• mypbc : PLMD::LinkCells
• mypca : PLMD::dimred::OutputPCAProjection
• mypdb : PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::mapping::PathReparameterization
• myrank : PLMD::colvar::Dimer
• myref : PLMD::dimred::PCA, PLMD::mapping::PCAVars
• myrep : PLMD::bias::MaxEnt
• myreplica : PLMD::GREX
• myrmsd : PLMD::OptimalRMSD, PLMD::SimpleRMSD
• mystash : PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar, PLMD::vesselbase::Moments
• mytype : PLMD::GenericMolInfo
• myvals : PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::function::Target, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::ReferenceValuePack
• myvalue_vessel : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• myvalues : PLMD::DataFetchingObject
• myvessels : PLMD::analysis::Histogram
• myvol : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure