Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- u -

• U01() : PLMD::Random
• U01d() : PLMD::Random
• uboundDerivative() : PLMD::HistogramBead
• UIestimator() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• unchecked() : PLMD::TypesafePtr
• undirectedGraph() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• unique2raw() : PLMD::Tools
• Units() : PLMD::setup::Units, PLMD::Units
• unlockRequests() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionWithArguments, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• unsetForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• update() : PLMD::Action, PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::FlexibleBin, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::Read, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::isdb::RDC, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore, PLMD::NeighborList, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::PlumedMain, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesDeltaF, PLMD::ves::VesLinearExpansion, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• update_alpha() : PLMD::ves::VesDeltaF
• update_bias() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• update_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• update_neighb() : PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::CS2Backbone
• update_neighbor_list() : PLMD::isdb::EMMI
• update_nl() : PLMD::maze::Optimizer
• update_output_filename() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• update_pseudo_virial() : PLMD::eds::EDS
• update_statistics() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• update_tg_and_rct() : PLMD::ves::VesDeltaF
• updateActiveAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• updateActiveMembers() : PLMD::DynamicList< T >
• updateBiasCutoffForTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateBiasWithoutCutoffGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateComplete() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue, PLMD::ReferenceValuePack
• updateDeltaF() : PLMD::opes::OPESexpanded
• updateDynamicList() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::MultiValue
• updateDynamicLists() : PLMD::ReferenceValuePack
• updateExtraCVForce() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• updateFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateFlagsPop() : PLMD::PlumedMain
• updateFlagsPush() : PLMD::PlumedMain
• updateFlagsTop() : PLMD::PlumedMain
• updateForces() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• updateFrequencyAdaptiveStride() : PLMD::bias::MetaD
• updateGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• updateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::TD_Custom, PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution, PLMD::ves::TD_WellTempered
• UpdateIf() : PLMD::generic::UpdateIf
• updateIndex() : PLMD::MultiValue
• updateLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateNlist() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• updateNVE() : PLMD::logmfd::LogMFD
• updateNVT() : PLMD::logmfd::LogMFD
• updateOutputComponents() : PLMD::ves::Optimizer
• updateReweightFactor() : PLMD::ves::VesBias
• updateTargetDist() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateTargetDistributions() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• updateUniqueLocal() : PLMD::ActionAtomistic
• updateUnits() : PLMD::Atoms
• updateUsingIndices() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• updateVirial() : PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• updateVS() : PLMD::logmfd::LogMFD
• updateWork() : PLMD::logmfd::LogMFD
• use() : PLMD::Keywords
• useBiasCutoffKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useCountReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• useCustomisableComponents() : PLMD::ActionWithValue
• useDynamicStepSizeKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useDynamicTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useFixedStepSizeKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useGridBinKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useGridLimitsKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useHessian() : PLMD::ves::Optimizer
• useHessianKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useInitialCoeffsKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useMaskKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useMonitorAverageGradientKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useMultipleTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useMultipleWalkers() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• useMultipleWalkersKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useNumericalDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• useProjectionArgKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useRestartKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useReweightFactorKeywords() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• usesPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• useTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• usingFastOption() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• usingLowMem() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• usingMemory() : PLMD::analysis::AnalysisBase
• usingNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• UWalls() : PLMD::bias::UWalls, PLMD::manyrestraints::UWalls