Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- r -

• RandInt() : PLMD::Random
• Random() : PLMD::Random
• Random_Acceleration_MD() : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD
• random_restart_hill_climbing() : PLMD::maze::Memetic
• Random_Walk() : PLMD::maze::Random_Walk
• RandomExchanges() : PLMD::generic::RandomExchanges
• randomize() : PLMD::maze::rnd
• randomize_velocities() : PLMD::cltools::SimpleMD
• randomizeValuesGaussian() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• RandU01() : PLMD::Random
• RDC() : PLMD::isdb::RDC
• Read() : PLMD::generic::Read
• read() : PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::Direction, PLMD::DotProductDistance, PLMD::DRMSD, PLMD::FakeFrame, PLMD::IntermolecularDRMSD, PLMD::IntramolecularDRMSD, PLMD::KernelFunctions, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::PDB, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::SimpleRMSD, PLMD::TargetDist
• read_bias() : PLMD::isdb::Rescale
• read_exp_errors() : PLMD::isdb::EMMI
• read_exp_overlaps() : PLMD::isdb::EMMI
• read_input() : PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD
• read_inputfiles() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• read_natoms() : PLMD::cltools::SimpleMD
• read_positions() : PLMD::cltools::SimpleMD
• read_status() : PLMD::isdb::EMMI
• ReadAnalysisFrames() : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• readArgument() : PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• readArgumentsFromPDB() : PLMD::ReferenceArguments
• readAtomsFromPDB() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ReferenceAtoms
• readAtomsLikeKeyword() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• readBackboneAtoms() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• readBinary() : PLMD::Atoms
• readBounds() : PLMD::DRMSD
• readBunch() : PLMD::function::FilesHandler
• readCoeffsFromFiles() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• readCommandLineArgs() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• readDataFromFile() : PLMD::ves::CoeffsVector
• readDeltaG() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• ReadDissimilarityMatrix() : PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• readFromFile() : PLMD::ves::CoeffsVector
• readFromFilepointer() : PLMD::PDB
• readFromPoint() : PLMD::BiasRepresentation
• readGaussians() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• readGroupKeywords() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• readHeaderFromFile() : PLMD::ves::CoeffsVector
• readInput() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• readInputFile() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::PlumedMain
• readInputLine() : PLMD::ActionShortcut, PLMD::PlumedMain
• readInputLines() : PLMD::PlumedMain
• readInputWords() : PLMD::PlumedMain
• readInRestart() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• readInRestartTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• readInRestartTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• ReadLagrangians() : PLMD::bias::MaxEnt
• readLCPOparam() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• readMaxSurf() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• readMaxThreeSpeciesMatrix() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• readMaxTwoSpeciesMatrix() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• readOneSetFromFile() : PLMD::ves::CoeffsVector
• readOrientationConnector() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix, PLMD::adjmat::SMACMatrix
• readPDB() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• readReference() : PLMD::SingleDomainRMSD
• readSASAparam() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• ReadStateFull() : PLMD::Random
• readTemperingSpecs() : PLMD::bias::MetaD
• readThreeGroups() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• readTwoGroups() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• readVesselKeywords() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• realToScaled() : PLMD::Pbc
• recalculateMatrixElement() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• recalculateStoredQuantity() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• recalculateWeights() : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• Reciprocal() : PLMD::lepton::Operation::Reciprocal
• Recv() : PLMD::Communicator
• reduce() : PLMD::LatticeReduction
• reduce2() : PLMD::LatticeReduction
• reduceFast() : PLMD::LatticeReduction
• reduceSlow() : PLMD::LatticeReduction
• ReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• ReferenceAtoms() : PLMD::ReferenceAtoms
• ReferenceConfiguration() : PLMD::ReferenceConfiguration
• ReferenceConfigurationOptions() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• ReferenceValuePack() : PLMD::ReferenceValuePack
• registerKeywords() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionPilot, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::ActionWithArguments, PLMD::ActionWithValue, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel, PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::DFSClustering, PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::adjmat::HBondMatrix, PLMD::adjmat::MatrixColumnSums, PLMD::adjmat::MatrixRowSums, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::adjmat::SMACMatrix, PLMD::adjmat::Sprint, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::analysis::Committor, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::FarthestPointSampling, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::LandmarkStaged, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReselectLandmarks, PLMD::analysis::SelectRandomFrames, PLMD::analysis::SelectWithStride, PLMD::analysis::WhamHistogram, PLMD::analysis::WhamWeights, PLMD::bias::ABMD, PLMD::bias::Bias, PLMD::bias::BiasValue, PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::External, PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightBias, PLMD::bias::ReweightMetad, PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure, PLMD::bias::ReweightWham, PLMD::bias::UWalls, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::colvar::ColvarFake, PLMD::colvar::Constant, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::Coordination, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::colvar::Dimer, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::PathMSD, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis, PLMD::colvar::PropertyMap, PLMD::colvar::Puckering, PLMD::Colvar, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::Template, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::colvar::Volume, PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity, PLMD::crystallization::Fccubic, PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::crystallization::GradientVessel, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::crystallization::LocalSteinhardt< T >, PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::MoleculePlane, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::PolymerAngles, PLMD::crystallization::Q3, PLMD::crystallization::Q4, PLMD::crystallization::Q6, PLMD::crystallization::SimpleCubic, PLMD::crystallization::SMAC, PLMD::crystallization::Steinhardt, PLMD::crystallization::Tetrahedral, PLMD::crystallization::VectorMean, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::crystallization::VectorSum, PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMap, PLMD::dimred::SketchMapBase, PLMD::dimred::SketchMapConjGrad, PLMD::dimred::SketchMapPointwise, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::dimred::SketchMapSmacof, PLMD::dimred::SmacofMDS, PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Custom, PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::function::Function, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::function::Piecewise, PLMD::function::Sort, PLMD::function::Stats, PLMD::function::Target, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, 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• runJobsAtEndOfCalculation() : PLMD::PlumedMain
• runTask() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging