Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- p -

• pairing() : PLMD::colvar::Coordination, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer
• PAMM() : PLMD::pamm::PAMM
• PammObject() : PLMD::pamm::PammObject
• ParabetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD
• PARS_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• parse() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::isdb::CS2BackboneDB, PLMD::lepton::Parser, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• parseArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• parseAtomList() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ReferenceAtoms
• parseConnectionDescriptions() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• ParsedExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• parseFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• parseFlag() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• parseMultiColvarAtomList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• parseMultipleValues() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• parseNumbered() : PLMD::Action
• parseNumberedVector() : PLMD::Action
• parseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• parsePrecedence() : PLMD::lepton::Parser
• parseReferenceEnvironments() : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• ParseToken() : PLMD::lepton::ParseToken
• parseVector() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• Path() : PLMD::mapping::Path
• PathBase() : PLMD::mapping::PathBase
• PathMSD() : PLMD::colvar::PathMSD
• PathMSDBase() : PLMD::colvar::PathMSDBase
• PathReparameterization() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• PathTools() : PLMD::mapping::PathTools
• pause() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• Pbc() : PLMD::Pbc
• pbc() : PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::Tools
• pbc_off() : PLMD::maze::Optimizer
• pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• pbcApply() : PLMD::ActionAtomistic
• pbcDistance() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• PBMetaD() : PLMD::bias::PBMetaD
• PCA() : PLMD::dimred::PCA
• pcaIsEnabledForThisReference() : PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::SimpleRMSD
• PCARMSD() : PLMD::colvar::PCARMSD
• PCAVars() : PLMD::mapping::PCAVars
• PdbRenumber() : PLMD::cltools::PdbRenumber
• performAnalysis() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• performCalc() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoForces() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoUpdate() : PLMD::PlumedMain
• performClustering() : PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::adjmat::DFSClustering
• performOperations() : PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• performTask() : PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::PathBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• PesMD() : PLMD::cltools::PesMD
• Piecewise() : PLMD::function::Piecewise
• PIV() : PLMD::piv::PIV
• PlaceholderFunction() : PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• Plumed() : PLMD::generic::Plumed
• plumed_c2f() : plumed
• plumed_c2v() : plumed
• plumed_cmd() : plumed
• plumed_cmd_nothrow() : plumed
• plumed_create() : plumed
• plumed_create_dlopen() : plumed
• plumed_create_invalid() : plumed
• plumed_create_reference() : plumed
• plumed_create_reference_f() : plumed
• plumed_create_reference_v() : plumed
• plumed_f2c() : plumed
• plumed_finalize() : plumed
• plumed_installed() : plumed
• plumed_use_count() : plumed
• plumed_v2c() : plumed
• plumed_valid() : plumed
• PlumedHandle() : PLMD::PlumedHandle
• plumedHasMPI() : PLMD::Communicator
• PlumedMain() : PLMD::PlumedMain
• PolymerAngles() : PLMD::crystallization::PolymerAngles
• Position() : PLMD::colvar::Position
• Power() : PLMD::lepton::Operation::Power
• PowerConstant() : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• PRE() : PLMD::isdb::PRE
• precalculateConstantSubexpressions() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• preevaluateVariables() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• prepare() : PLMD::Action, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::mapping::SpathVessel, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• prepareCalc() : PLMD::PlumedMain
• prepareDependencies() : PLMD::PlumedMain
• prepareForAveraging() : PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• Print() : PLMD::generic::Print
• print() : PLMD::Keywords, PLMD::PDB
• print_bias() : PLMD::isdb::Rescale
• print_html() : PLMD::Keywords
• print_html_item() : PLMD::Keywords
• print_spelling() : PLMD::Keywords
• print_status() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Memetic
• print_template() : PLMD::Keywords
• print_vim() : PLMD::Keywords
• printDeltaF() : PLMD::opes::OPESexpanded
• PrintDissimilarityMatrix() : PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix
• printExampleInput() : PLMD::cltools::GenExample
• printf() : PLMD::OFile
• printField() : PLMD::OFile
• printGrid() : PLMD::gridtools::DumpCube, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::gridtools::GridToXYZ
• printInfo() : PLMD::ves::BasisFunctions
• printManual() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister
• printTemplate() : PLMD::ActionRegister
• ProbWeight() : PLMD::ProbWeight
• Prod() : PLMD::Communicator
• project() : PLMD::Grid
• projectArgDisplacementOnVector() : PLMD::ReferenceArguments
• projectAtomicDisplacementOnVector() : PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::SimpleRMSD
• projectDisplacementOnVector() : PLMD::ReferenceConfiguration
• projectInnerLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• projection() : PLMD::Value
• ProjectionOnAxis() : PLMD::colvar::ProjectionOnAxis
• ProjectNonLandmarkPoints() : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• projectOnLowDimension() : PLMD::Grid
• projectOuterLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• PropertyMap() : PLMD::colvar::PropertyMap, PLMD::mapping::PropertyMap
• proposeMove() : PLMD::isdb::Rescale
• Puckering() : PLMD::colvar::Puckering
• pushKernel() : PLMD::BiasRepresentation
• putIndexInActiveArray() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue