Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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• OFile() : PLMD::OFile
• onStep() : PLMD::ActionPilot, PLMD::gridtools::ConvertToFES
• open() : PLMD::FileBase, PLMD::IFile, PLMD::OFile
• operator bool() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition, PLMD::FileBase, PLMD::TypesafePtr
• operator!=() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Variable
• operator()() : PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderByDist, PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderBySimilarity, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::function::FuncPathGeneral::pairordering, PLMD::function::FuncPathMSD::ordering, PLMD::function::FuncPathMSD::pairordering, PLMD::Matrix< T >, PLMD::maze::tls::delete_ptr, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator/=() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• operator<<() : PLMD::Exception, PLMD::ExceptionDebug, PLMD::ExceptionError, PLMD::ExceptionTypeError
• operator<<=() : PLMD::Exception::Throw
• operator=() : PLMD::Action, PLMD::Communicator, PLMD::DLLoader, PLMD::Exception, PLMD::FileBase, PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionProgram, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::Matrix< T >, PLMD::pamm::PammObject, PLMD::PlumedHandle, PLMD::Stopwatch::Handler, PLMD::Subprocess::Handler, PLMD::TypesafePtr, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• operator==() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation
• operator[]() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsVector
• OPESexpanded() : PLMD::opes::OPESexpanded
• OPESmetad() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• Opt_Adam() : PLMD::ves::Opt_Adam
• Opt_BachAveragedSGD() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• Opt_Dummy() : PLMD::ves::Opt_Dummy
• Opt_RobbinsMonroSGD() : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• optimalAlignment() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Fit() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_PCA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_SOMA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignmentWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• OptimalRMSD() : PLMD::OptimalRMSD
• optimize() : PLMD::lepton::ParsedExpression, PLMD::maze::Memetic, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Random_Walk, PLMD::maze::Simulated_Annealing, PLMD::maze::Steered_MD
• optimizeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• Optimizer() : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::ves::Optimizer
• OptimizerBias() : PLMD::maze::OptimizerBias
• OrderingVessel() : PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• OrientationSphere() : PLMD::crystallization::OrientationSphere
• out_of_bounds() : PLMD::maze::Memetic
• OutputBasisFunctions() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• OutputCluster() : PLMD::adjmat::OutputCluster
• OutputColvarFile() : PLMD::analysis::OutputColvarFile
• outputComponentExists() : PLMD::Keywords
• OutputFesBias() : PLMD::ves::OutputFesBias
• OutputPCAProjection() : PLMD::dimred::OutputPCAProjection
• OutputPDBFile() : PLMD::analysis::OutputPDBFile
• OutputTargetDistribution() : PLMD::ves::OutputTargetDistribution