Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- m -

• MahalanobisDistance() : PLMD::MahalanobisDistance
• main() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::mapping::PathTools, PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• make_unique() : PLMD::Tools
• makeWhole() : PLMD::ActionAtomistic
• Manual() : PLMD::cltools::Manual
• ManyRestraintsBase() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• Mapping() : PLMD::mapping::Mapping
• MarginalWeight() : PLMD::ves::MarginalWeight
• mating() : PLMD::maze::Memetic
• Matrix() : PLMD::Matrix< T >
• MatrixColumnSums() : PLMD::adjmat::MatrixColumnSums
• matrixElementIsActive() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• MatrixRowSums() : PLMD::adjmat::MatrixRowSums
• Max() : PLMD::Communicator, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::vesselbase::Max
• maxDistance() : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• MaxEnt() : PLMD::bias::MaxEnt
• MD2double() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• MD_LinearExpansionPES() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• Mean() : PLMD::vesselbase::Mean
• mean() : PLMD::maze::tls
• Member() : PLMD::maze::Member
• Memetic() : PLMD::maze::Memetic
• memFusionP() : PLMD::membranefusion::memFusionP
• mergeInputDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• mergeKernels() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• mergeSortedVectors() : PLMD::Tools
• MetaD() : PLMD::bias::MetaD
• Metainference() : PLMD::isdb::Metainference
• MetainferenceBase() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Min() : PLMD::Communicator, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::vesselbase::Min
• minimise() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >, PLMD::dimred::SketchMapBase, PLMD::dimred::SketchMapConjGrad, PLMD::dimred::SketchMapPointwise, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::dimred::SketchMapSmacof, PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Minimise1DBrent() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• MinimiseBase() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• modifyForceOnEnergy() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyForceOnExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyForces() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalForce() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalPbc() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyGlobalVirial() : PLMD::ActionAtomistic
• modifyVirial() : PLMD::ActionAtomistic
• modulo() : PLMD::VectorGeneric< n >
• modulo2() : PLMD::VectorGeneric< n >
• MoleculeOrientation() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation
• MoleculePlane() : PLMD::crystallization::MoleculePlane
• molfile_lock() : PLMD::Tools
• Moments() : PLMD::vesselbase::Moments
• MoreThan() : PLMD::vesselbase::MoreThan
• moveDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• moveReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• moveScaleOffset() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveSigmas() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveTilde() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MovingRestraint() : PLMD::bias::MovingRestraint
• mpi_gatherActiveMembers() : PLMD::DynamicList< T >
• mpiSumValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• mt_eng() : PLMD::maze::rnd
• MultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• MultiColvarCombine() : PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine
• MultiColvarDensity() : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• MultiColvarFilter() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• MultiColvarProduct() : PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct
• MultiDomainRMSD() : PLMD::MultiDomainRMSD
• multiLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• Multiply() : PLMD::lepton::Operation::Multiply
• MultiplyConstant() : PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant
• multiplyWithValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• MultiRMSD() : PLMD::colvar::MultiRMSD
• multiSimSumAverages() : PLMD::ves::VesBias
• MultiValue() : PLMD::MultiValue
• mutation() : PLMD::maze::Memetic