Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- g -

• Gaussian() : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::Random
• Gaussian2D() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• GaussianDiagonal() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• GaussianSwitchingFunc() : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric, PLMD::ves::TD_Uniform
• generateBins() : PLMD::HistogramBead
• generateJitCode() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• generateProjection() : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• GenericMolInfo() : PLMD::GenericMolInfo
• GenExample() : PLMD::cltools::GenExample
• GenJson() : PLMD::cltools::GenJson
• GenTemplate() : PLMD::cltools::GenTemplate
• get() : PLMD::Keywords, PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr, PLMD::MultiValue, PLMD::TypesafePtr, PLMD::Value
• get_annealing() : PLMD::isdb::EMMI
• get_capacity() : PLMD::maze::Memetic
• get_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• get_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• get_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Get_comm() : PLMD::Communicator
• Get_count() : PLMD::Communicator::Status
• get_cutoff() : PLMD::pamm::HBPammObject
• get_d0() : PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax() : PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax2() : PLMD::SwitchingFunction
• get_exp_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• get_GMM_m() : PLMD::isdb::EMMI
• get_index() : PLMD::ves::VesDeltaF
• get_label() : PLMD::maze::Optimizer
• get_labels_actions() : PLMD::maze::tls
• get_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• get_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• get_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• get_median() : PLMD::isdb::EMMI
• get_mutation_rate() : PLMD::maze::Memetic
• get_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• get_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• get_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• get_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_nl_cutofff() : PLMD::maze::Optimizer
• get_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• get_numXtraDists() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• get_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• get_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• get_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• get_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_pointer_label() : PLMD::maze::tls
• get_pointers_labels() : PLMD::maze::tls
• get_prefactor_inverse() : PLMD::isdb::EMMI
• get_priv() : PLMD::TypesafePtr
• get_r0() : PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• Get_rank() : PLMD::Communicator
• get_rank() : PLMD::DataFetchingObject
• get_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• get_self_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_shape() : PLMD::DataFetchingObject
• get_sigma_mean() : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Get_size() : PLMD::Communicator
• get_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• get_weights() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getAbsoluteIndex() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• getAbsoluteIndexes() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::ReferenceConfiguration
• getAbsoluteIndexOfCentralAtom() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::MoleculePlane, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getAction() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getActionNames() : PLMD::ActionRegister
• getActionSet() : PLMD::PlumedMain
• getActiveIndex() : PLMD::MultiValue
• getActiveTask() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getAdjacencyVessel() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getAdjacentIndices() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getAdjacentPoints() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getAlign() : PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD
• getAlignedPositionsToReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getAlignedReferenceToPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllInput() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getAllReferenceConfigurations() : PLMD::mapping::Mapping
• getAllValues() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::BF_Chebyshev, PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::BF_Cosine, PLMD::ves::BF_CubicBsplines, PLMD::ves::BF_Custom, PLMD::ves::BF_Fourier, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::BF_Legendre, PLMD::ves::BF_Powers, PLMD::ves::BF_Sine, PLMD::ves::BF_Wavelets
• getAllValuesNumericalDerivs() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getArgNames() : PLMD::GridBase
• getArgument() : PLMD::ActionWithArguments
• getArgumentDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getArgumentList() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMapRead
• getArgumentName() : PLMD::mapping::Mapping
• getArgumentNames() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::PDB, PLMD::ReferenceArguments, PLMD::ReferenceConfiguration
• getArgumentRequests() : PLMD::ReferenceArguments, PLMD::ReferenceConfiguration
• getArguments() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• getArgumentValue() : PLMD::analysis::DataCollectionObject, PLMD::PDB
• getAtomBlockEnds() : PLMD::PDB
• getAtomDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomIndex() : PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::ReferenceValuePack, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getAtomIndexes() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• getAtomName() : PLMD::GenericMolInfo, PLMD::PDB
• getAtomNumbers() : PLMD::PDB
• getAtomPosition() : PLMD::analysis::DataCollectionObject
• getAtomRange() : PLMD::PDB
• getAtomRequests() : PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::ReferenceConfiguration
• getAtoms() : PLMD::PlumedMain
• getAtomsDisplacementVector() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomsInChain() : PLMD::PDB
• getAtomsInResidue() : PLMD::PDB
• getAtomVector() : PLMD::MultiValue, PLMD::ReferenceValuePack
• getAuxCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getAverage() : PLMD::analysis::AverageVessel
• getAverDecay() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• getBackbone() : PLMD::GenericMolInfo
• getBackboneForResidue() : PLMD::MolDataClass
• getBaseColvarNumber() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getBaseMultiColvar() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getBasisFunctionLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisFunctionLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisSetConstant() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValue() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValues() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBeta() : PLMD::PDB, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesBias
• getBias() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::PlumedMain, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasAndDerivatives() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• getBiasAndForces() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasCutoffSwitchingFunction() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasCutoffValue() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasWithoutCutoffGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getbigb() : PLMD::HistogramBead
• getBinVolume() : PLMD::GridBase
• getBox() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase, PLMD::Pbc
• getBoxAng() : PLMD::PDB
• getBoxAxs() : PLMD::PDB
• getBoxDerivatives() : PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::ReferenceValuePack, PLMD::sasa::Colvar
• getBoxVec() : PLMD::PDB
• getCachelineSize() : PLMD::OpenMP
• getCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getCellVolume() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getCenter() : PLMD::KernelFunctions
• getCenteredPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getCenteredReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getCentralAtom() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::pamm::PAMM
• getCentralAtomElementIndex() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getCentralAtomPack() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getCentralAtomPos() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getChainID() : PLMD::GenericMolInfo, PLMD::PDB
• getChainNames() : PLMD::PDB
• getCharge() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Units
• getCharges() : PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getChargeString() : PLMD::Units
• getChildren() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• getClosePair() : PLMD::NeighborList
• getClosePairAtomNumber() : PLMD::NeighborList
• getCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsIndices() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsInfoFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsMaskPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getCoeffsPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetFilenameSuffix() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetLabelString() : PLMD::ves::VesBias
• getCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getCommunicator() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• getComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentName() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getComponentsList() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsVector() : PLMD::ActionWithValue
• getConstantValue() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• getContinuousSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getCPT() : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• getCubeUnits() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentNumberOfActiveTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCurrentOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentTargetDistOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCutoff() : PLMD::HistogramBead, PLMD::KernelFunctions, PLMD::LinkCells, PLMD::vesselbase::Between, PLMD::vesselbase::LessThan
• getCutoffForConnection() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• getCutoffPoints() : PLMD::ves::BF_Wavelets
• getDataAsVector() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• getDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• getDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDataPointIndexInBase() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::SketchMapRead
• getDataUser() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getDDistanceDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReferenceSOMA() : PLMD::RMSDCoreData
• getDdStep() : PLMD::Atoms
• getDefaultString() : PLMD::Action
• getDefaultValue() : PLMD::Keywords
• getDependencies() : PLMD::Action
• getDerivative() : PLMD::multicolvar::CatomPack, PLMD::MultiValue, PLMD::Value
• getDerivOrder() : PLMD::lepton::Operation::Custom
• getDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer
• getDifferenceFromContour() : PLMD::Grid, PLMD::gridtools::ContourFindingBase, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• getDimension() : PLMD::GridBase, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::ves::TargetDistribution
• getDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDisplace() : PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD
• getDissimilarity() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::SketchMapRead
• getDissimilarityInstruction() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• getDistance() : PLMD::RMSDCoreData
• getDomain() : PLMD::Value
• getDoScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getDRotationDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDRr01() : PLMD::RMSDCoreData
• getDx() : PLMD::GridBase
• getEigenvector() : PLMD::ves::WaveletGrid
• getEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• getEnergy() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::Units
• getEnergyForceGJ() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceGJE() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSP() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSPE() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJ() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJE() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySP() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySPE() : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyString() : PLMD::Units
• getEng() : PLMD::F1dim< FCLASS >
• getExchangePatterns() : PLMD::PlumedMain
• getExchangeStep() : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• getExpansion() : PLMD::opes::OPESexpanded
• getExtraCV() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getFesFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getFesGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getFibonacciCoordinates() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getFibonacciCutoff() : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getFibonacciIndex() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getFILE() : PLMD::FileBase
• getFile() : PLMD::generic::Read
• getFilename() : PLMD::generic::Read
• getFilterCoefficients() : PLMD::ves::WaveletGrid
• getFinalForces() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getFinalValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• getFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• getFlags() : PLMD::TypesafePtr
• getFlatGridCoordinates() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getForce() : PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::Value
• getForcesFromVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getFullAtomList() : PLMD::NeighborList
• getFullList() : PLMD::Atoms
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• getFunctionOperation() : PLMD::lepton::Parser
• getFunctionValue() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid
• getFunctionValueAndDerivatives() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid
• getGatindex() : PLMD::Atoms
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• getGaussianSupport() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• getGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• getGoodNumThreads() : PLMD::OpenMP, PLMD::PlumedMain
• getGpuDeviceId() : PLMD::PlumedMain
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• getGradientPntrs() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• getGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• getGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• getGridElement() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid, PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridExtent() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridFileInfo() : PLMD::ves::VesTools
• getGridMax() : PLMD::ves::VesBias
• getGridMin() : PLMD::ves::VesBias
• getGridPointCoordinates() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridPtr() : PLMD::BiasRepresentation
• getGridSpacing() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation_1D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation_ND() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation_1D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation_2D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation_ND() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getHeight() : PLMD::bias::MetaD
• getHelpString() : PLMD::Keywords
• getHessianIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntrs() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• getId() : PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable
• getIndex() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::GridBase, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::CatomPack, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom, PLMD::ves::CoeffsBase
• getIndex_k() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ExpansionCVs
• getIndexList() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::Density
• getIndexOfElement() : PLMD::DynamicList< T >
• getIndexPair() : PLMD::NeighborList
• getIndices() : PLMD::GridBase, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::MultiValue, PLMD::ves::CoeffsBase
• getInputData() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getInputDerivatives() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getInputString() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getIntegrationWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getInvBox() : PLMD::Pbc
• getInverseMatrix() : PLMD::FlexibleBin
• getIsPeriodic() : PLMD::GridBase
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• getIterationCounterAndTimeFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getIterationCounterDbl() : PLMD::ves::Optimizer
• getIterationCounterStr() : PLMD::ves::Optimizer
• getIterationFilenameSuffix() : PLMD::ves::VesBias
• getKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getKbT() : PLMD::Atoms, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• getKernelAndNeighbors() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getKernelCenter() : PLMD::pamm::PammObject
• getKernelSupport() : PLMD::pamm::PammObject
• getKernelType() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getKey() : PLMD::Tools
• getKeys() : PLMD::CLToolRegister, PLMD::Keywords
• getKeyword() : PLMD::Action, PLMD::Keywords
• getKeywordDescription() : PLMD::Keywords
• getKeywordDocs() : PLMD::Keywords
• getKeywordList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getKeywords() : PLMD::ActionRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• getKeywordString() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getL1Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getL2Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getLabel() : PLMD::Action, PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::vesselbase::Vessel
• getLabelList() : PLMD::ActionSet
• getLabelsOfAvailableActions() : PLMD::ves::VesTools
• getLabelVector() : PLMD::ActionSet
• getLambda() : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PathBase
• getLambdas() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• getLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• getLength() : PLMD::Units
• getLengthString() : PLMD::Units
• getline() : PLMD::IFile, PLMD::Subprocess, PLMD::Tools
• getLinkCellCutoff() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getList() : PLMD::ExchangePatterns
• getLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getLocalForces() : PLMD::Atoms
• getLocalMasses() : PLMD::Atoms
• getLocalMDForces() : PLMD::Atoms
• getLocalPositions() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getLog() : PLMD::PlumedMain
• getLogicalDefault() : PLMD::Keywords
• getLogTargetDistGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getLogWeight() : PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightBias, PLMD::bias::ReweightMetad, PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure, PLMD::bias::ReweightWham
• getlowb() : PLMD::HistogramBead
• getLpNorm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMarginal() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMarginalDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMartiniFFparam() : PLMD::isdb::SAXS
• getMass() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Units
• getMasses() : PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getMassString() : PLMD::Units
• getMatrix() : PLMD::FlexibleBin, PLMD::KernelFunctions
• getMatrixAction() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getMatrixFromDRot() : PLMD::RMSD
• getMatrixIndex() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
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