Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- d -

• Data() : PLMD::Communicator::Data
• DataFetchingObject() : PLMD::DataFetchingObject
• DataFetchingObjectTyped() : PLMD::DataFetchingObjectTyped< T >
• deactivate() : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::ves::CoeffsBase
• deactivate_task() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• deactivateAllAtoms() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAllTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• decodeIndexToAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• decrease_probability() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• decreaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• Delta() : PLMD::lepton::Operation::Delta
• Density() : PLMD::multicolvar::Density
• deriv_poly() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• derivativesAreRequired() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• description() : PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::HistogramBead, PLMD::mapping::PathTools, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::ValueVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• destroyData() : PLMD::Keywords
• determinant() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• DFSClustering() : PLMD::adjmat::DFSClustering
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy
• diagonalHessian() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• difference() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• differentiate() : PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::lepton::ParsedExpression
• DihedralCorrelation() : PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation
• DimensionalityReductionBase() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase
• Dimer() : PLMD::colvar::Dimer
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• Direction() : PLMD::Direction
• DirectoryChanger() : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• disableBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileProjOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableHessian() : PLMD::ves::VesBias
• disableStaticTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• displaceReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• displaceReferenceAtoms() : PLMD::ReferenceAtoms
• displaceReferenceConfiguration() : PLMD::ReferenceConfiguration
• dissimilaritiesWereSet() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
• distance() : PLMD::Pbc
• DistanceFromContour() : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• Divide() : PLMD::lepton::Operation::Divide
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• dlopen() : PLMD::PlumedHandle
• do_rational() : PLMD::SwitchingFunction
• do_regression_zero() : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_svd() : PLMD::isdb::RDC
• doAccept() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Rescale
• doCoreCalc() : PLMD::RMSDCoreData
• doCoreCalcWithCloseStructure() : PLMD::RMSDCoreData
• doJobsRequiredBeforeTaskList() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• DomainDecomposition() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• doMonteCarlo() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• doNotAllowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doNotCalculateDirector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doNotForce() : PLMD::ActionAtomistic
• doNotRetrieve() : PLMD::ActionAtomistic
• doRegression() : PLMD::isdb::EMMI
• doSearch() : PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• DotProductDistance() : PLMD::DotProductDistance
• double2MD() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::DRMSD
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
• DumpCube() : PLMD::gridtools::DumpCube
• DumpDerivatives() : PLMD::generic::DumpDerivatives
• DumpForces() : PLMD::generic::DumpForces
• DumpGraph() : PLMD::adjmat::DumpGraph
• DumpGrid() : PLMD::gridtools::DumpGrid
• DumpMassCharge() : PLMD::generic::DumpMassCharge
• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• dumpStateToFile() : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• DynamicList() : PLMD::DynamicList< T >
• dynamicStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• dynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias