Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- c -

• calc() : PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::Direction, PLMD::DRMSD, PLMD::FakeFrame, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::PlumedMain, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::RMSDBase, PLMD::SimpleRMSD, PLMD::SingleDomainRMSD
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcPotential() : PLMD::manyrestraints::LWalls, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::manyrestraints::UWalls
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcTransform() : PLMD::mapping::ZpathVessel, PLMD::vesselbase::AltMin, PLMD::vesselbase::Between, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::LessThan, PLMD::vesselbase::Max, PLMD::vesselbase::Mean, PLMD::vesselbase::Min, PLMD::vesselbase::MoreThan, PLMD::vesselbase::Sum
• calculate() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::adjmat::Sprint, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::analysis::Committor, PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::bias::ABMD, PLMD::bias::BiasValue, PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::External, PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::UWalls, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::ColvarFake, PLMD::colvar::Constant, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::Dimer, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis, PLMD::colvar::Puckering, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::Template, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::colvar::Volume, PLMD::crystallization::GradientVessel, PLMD::crystallization::VectorMean, PLMD::crystallization::VectorSum, PLMD::eds::EDS, PLMD::ERMSD, PLMD::fisst::FISST, PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Custom, PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::function::Piecewise, PLMD::function::Sort, PLMD::function::Stats, PLMD::function::Target, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::Group, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::GREX, PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid, PLMD::HistogramBead, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::FretEfficiency, PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::isdb::RDC, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::isdb::Select, PLMD::isdb::Selector, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::PathBase, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::mapping::SpathVessel, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::piv::PIV, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::SingleDomainRMSD, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::TargetDist, PLMD::vatom::Center, PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesDeltaF, PLMD::ves::VesLinearExpansion, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::OrderingVessel, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAFF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAFFsans() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAllVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• calculateAllVolumes() : PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::multicolvar::ActionVolume, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• calculateArgumentDistance() : PLMD::DotProductDistance, PLMD::ReferenceArguments
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• calculateCoordinationPrefactor() : PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::SMAC
• calculateCubicHarmonic() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::Fccubic, PLMD::crystallization::SimpleCubic, PLMD::crystallization::Tetrahedral
• calculateDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateForThree() : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• calculateForThreeAtoms() : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateNumberInside() : PLMD::multicolvar::ActionVolume, PLMD::multicolvar::VolumeAround, PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder, PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope, PLMD::multicolvar::VolumeInSphere, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionWithArguments, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• calculateProjections() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::SketchMapBase, PLMD::dimred::SmacofMDS
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::SwitchingFunction
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateVector() : PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::MoleculePlane, PLMD::crystallization::Steinhardt, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::HBondMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XYTorsion, PLMD::pamm::PAMM
• calculateWeights() : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightWham
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• calcUsingPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation::Ceil
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• CenterOfMultiColvar() : PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• chainRule() : PLMD::MultiValue, PLMD::Value
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• chargesWereSet() : PLMD::Atoms
• check() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::MetricRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• checkAllActive() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface
• checkCoeffsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::piv::PIV
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::GenericMolInfo, PLMD::PDB
• checkForConnection() : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkIfArgumentInsideInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• checkIsEnergy() : PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::sasa::Colvar
• checkNanAndInf() : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action, PLMD::vesselbase::Vessel
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checkThatTemperatureIsGiven() : PLMD::ves::VesBias
• checkUpdate() : PLMD::Action
• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• cite() : PLMD::Action, PLMD::Citations, PLMD::PlumedMain
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::Citations, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::ERMSD, PLMD::Grid, PLMD::MultiValue, PLMD::ReferenceValuePack, PLMD::RMSD, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• clearAll() : PLMD::MultiValue
• clearAverage() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• clearCoeffsPntrsVector() : PLMD::ves::VesBias
• clearData() : PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightWham
• clearDelete() : PLMD::ActionSet
• clearDependencies() : PLMD::Action
• clearDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::Value
• clearFields() : PLMD::OFile
• clearFullList() : PLMD::Atoms
• clearGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• clearInputForce() : PLMD::Value
• clearInputForces() : PLMD::ActionWithValue
• clearLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• clearOptions() : PLMD::Action
• clearOutputForces() : PLMD::ActionAtomistic
• clearTemporyDerivatives() : PLMD::MultiValue
• clone() : PLMD::lepton::CustomFunction, PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• close() : PLMD::FileBase
• CLTool() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• CLToolMain() : PLMD::CLToolMain
• CLToolOptions() : PLMD::CLToolOptions
• cltoolRegister() : PLMD::CLToolRegister
• CLToolSumHills() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• ClusterAnalysisBase() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• ClusterDiameter() : PLMD::adjmat::ClusterDiameter
• ClusterDistribution() : PLMD::adjmat::ClusterDistribution
• ClusteringBase() : PLMD::adjmat::ClusteringBase
• ClusterProperties() : PLMD::adjmat::ClusterProperties
• ClusterSize() : PLMD::adjmat::ClusterSize
• ClusterWithSurface() : PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• cmd() : PLMD::CLToolMain, PLMD::GREX, PLMD::PlumedHandle, PLMD::PlumedMain, PLMD::WithCmd
• CO_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_RING() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_SPHERE() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Coeffs() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• CoeffsBase() : PLMD::ves::CoeffsBase
• CoeffsMask() : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• coeffsUpdate() : PLMD::ves::Opt_Adam, PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD, PLMD::ves::Opt_Dummy, PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD, PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsVector() : PLMD::ves::CoeffsVector
• Colvar() : PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::sasa::Colvar
• ColvarFake() : PLMD::colvar::ColvarFake
• Combine() : PLMD::function::Combine
• CombinedGradient() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• Committor() : PLMD::analysis::Committor
• Communicator() : PLMD::Communicator
• compare() : PLMD::vesselbase::Highest, PLMD::vesselbase::Lowest, PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• CompiledExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• compileExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• completeNumericalDerivatives() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• completeSetup() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• completeTask() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• completeUpdate() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue
• Completion() : PLMD::cltools::Completion
• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentIsPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentsAreNotOptional() : PLMD::ActionWithValue
• compute() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::HBondMatrix, PLMD::adjmat::MatrixColumnSums, PLMD::adjmat::MatrixRowSums, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::Angle, PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::gridtools::FindSphericalContour, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::gridtools::IntegrateGrid, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::multicolvar::AlphaBeta, PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::Bridge, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers, PLMD::multicolvar::Density, PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::Distances, PLMD::multicolvar::InPlaneDistances, PLMD::multicolvar::LocalAverage, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::Torsions, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XDistances, PLMD::multicolvar::XYDistances, PLMD::multicolvar::XYTorsion, PLMD::pamm::HBPammHydrogens, PLMD::pamm::HBPammMatrix, PLMD::pamm::PAMM, PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_error() : PLMD::bias::MaxEnt
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_observable_weight() : PLMD::fisst::FISST
• compute_ring_parameters() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• computeCovarianceFromAverages() : PLMD::ves::VesBias
• computeDeltaG() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• computeHessian() : PLMD::ves::VesBias
• computeReweightingFactor() : PLMD::bias::MetaD
• computeVectorFunction() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix, PLMD::adjmat::SMACMatrix, PLMD::crystallization::LocalSteinhardt< T >, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::PolymerAngles, PLMD::crystallization::SMAC
• concatenateExceptionMessages() : PLMD::Tools
• ConjugateGradient() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
• consistencyCheck() : PLMD::colvar::Dimer
• CONST_BB2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• CONST_SC2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONST_XD() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAACURR() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAANEXT() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAAPREV() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Constant() : PLMD::colvar::Constant, PLMD::lepton::Operation::Constant
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• cont() : PLMD::Subprocess
• ContactAlignedMatrix() : PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix
• ContactMap() : PLMD::colvar::ContactMap
• ContactMatrix() : PLMD::adjmat::ContactMatrix
• ContourFindingBase() : PLMD::gridtools::ContourFindingBase
• contStop() : PLMD::Subprocess
• convert() : PLMD::Tools
• convert_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• convert_x() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• convert_y() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• convertDbl2Str() : PLMD::ves::VesTools
• convertIndexToIndices() : PLMD::gridtools::GridVessel
• convertIndicesToIndex() : PLMD::LinkCells
• convertNoexcept() : PLMD::Tools
• convertToAny() : PLMD::Tools
• ConvertToFES() : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• convertToInt() : PLMD::Tools
• convertToReal() : PLMD::Tools
• Coordination() : PLMD::colvar::Coordination
• CoordinationBase() : PLMD::colvar::CoordinationBase
• CoordinationNumbers() : PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers
• copy() : PLMD::TypesafePtr
• copyData() : PLMD::Keywords
• copyDerivatives() : PLMD::MultiValue, PLMD::ReferenceConfiguration
• copyGridValues() : PLMD::ves::VesTools
• copyOutput() : PLMD::ActionWithValue
• copyScaledDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• copyTaskFlags() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• copyValues() : PLMD::MultiValue
• Cos() : PLMD::lepton::Operation::Cos
• Cosh() : PLMD::lepton::Operation::Cosh
• Cot() : PLMD::lepton::Operation::Cot
• countValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• create() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::DataFetchingObject, PLMD::GridBase, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MetricRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• create_coding() : PLMD::maze::Memetic
• createBIAS() : PLMD::funnel::Funnel
• createCompiledExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• createFullList() : PLMD::Atoms
• createGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• createIndexListFromVector() : PLMD::DynamicList< T >
• createLongInput() : PLMD::cltools::GenExample
• createProgram() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• crossover() : PLMD::maze::Memetic
• CS2Backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• Csc() : PLMD::lepton::Operation::Csc
• Cube() : PLMD::lepton::Operation::Cube
• CubicHarmonicBase() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase
• Custom() : PLMD::function::Custom, PLMD::lepton::Operation::Custom