Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• C : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::SwitchingFunction
• C_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• C_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• CA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CAc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cache_set : PLMD::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMPVars
• calc() : PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::Direction, PLMD::DRMSD, PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::FakeFrame, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::PlumedMain, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::RMSDBase, PLMD::SimpleRMSD, PLMD::SingleDomainRMSD
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcPotential() : PLMD::manyrestraints::LWalls, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::manyrestraints::UWalls
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcTransform() : PLMD::mapping::ZpathVessel, PLMD::vesselbase::AltMin, PLMD::vesselbase::Between, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::LessThan, PLMD::vesselbase::Max, PLMD::vesselbase::Mean, PLMD::vesselbase::Min, PLMD::vesselbase::MoreThan, PLMD::vesselbase::Sum
• calculate() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::adjmat::Sprint, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::analysis::Committor, PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::bias::ABMD, PLMD::bias::BiasValue, PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::External, PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::UWalls, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::ColvarFake, PLMD::colvar::Constant, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::Dimer, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::MultiRMSD, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis, PLMD::colvar::Puckering, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::Template, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::colvar::Volume, PLMD::crystallization::GradientVessel, PLMD::crystallization::VectorMean, PLMD::crystallization::VectorSum, PLMD::eds::EDS, PLMD::ERMSD, PLMD::fisst::FISST, PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Custom, PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::function::Piecewise, PLMD::function::Sort, PLMD::function::Stats, PLMD::function::Target, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::Group, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::GREX, PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid, PLMD::HistogramBead, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::FretEfficiency, PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::isdb::RDC, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::isdb::Select, PLMD::isdb::Selector, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::PathBase, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::mapping::SpathVessel, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::piv::PIV, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::SingleDomainRMSD, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::TargetDist, PLMD::vatom::Center, PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesDeltaF, PLMD::ves::VesLinearExpansion, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::OrderingVessel, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAFF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAFFsans() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAllVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• calculateAllVolumes() : PLMD::crystallization::Gradient, PLMD::multicolvar::ActionVolume, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• calculateArgumentDistance() : PLMD::DotProductDistance, PLMD::ReferenceArguments
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• calculateCoordinationPrefactor() : PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::SMAC
• calculateCubicHarmonic() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::Fccubic, PLMD::crystallization::SimpleCubic, PLMD::crystallization::Tetrahedral
• calculateDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateForThree() : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• calculateForThreeAtoms() : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateNumberInside() : PLMD::multicolvar::ActionVolume, PLMD::multicolvar::VolumeAround, PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder, PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope, PLMD::multicolvar::VolumeInSphere, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionWithArguments, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• calculateProjections() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::SketchMapBase, PLMD::dimred::SmacofMDS
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::SwitchingFunction
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateVector() : PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::MoleculeOrientation, PLMD::crystallization::MoleculePlane, PLMD::crystallization::Steinhardt, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::HBondMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::crystallization::BondOrientation, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XYTorsion, PLMD::pamm::PAMM
• calculateWeights() : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightWham
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• calcUsingPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cargs : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• CB_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CBc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• Cc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CCG : PLMD::isdb::JCoupling
• cdocs : PLMD::Keywords
• CEIL : PLMD::lepton::Operation
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation::Ceil
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_required : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::KernelFunctions, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpos : PLMD::ReferenceValuePack
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• CenterOfMultiColvar() : PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMapConjGrad, PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• chainRule() : PLMD::MultiValue, PLMD::Value
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Units, PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_ : PLMD::vatom::Center
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::generic::Plumed, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms
• check() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::MetricRegister, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom, PLMD::ves::TargetDistribution
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• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkAllActive() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface
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• checkForResidue() : PLMD::PDB
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• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
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• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• cite() : PLMD::Action, PLMD::Citations, PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
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• CLTool() : PLMD::CLTool, PLMD::CLToolOptions, PLMD::cltools::CLTool
• cltool : PLMD::PlumedMain
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• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
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• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
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