Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::SwitchingFunction
• a1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• A_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• A_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC4 : PLMD::isdb::SAXS
• A_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• aa_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• aa_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ablocks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• ABS : PLMD::lepton::Operation
• Abs() : PLMD::lepton::Operation::Abs
• acc_ : PLMD::bias::MetaD
• acc_restart_mean_ : PLMD::bias::MetaD
• acceleration_ : PLMD::bias::MetaD
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• accumulate() : PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::gridtools::AverageOnGrid, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateAverage() : PLMD::analysis::Average, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• accumulateForce() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateSymmetryFunction() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• ACOS : PLMD::lepton::Operation
• Acos() : PLMD::lepton::Operation::Acos
• ACOSH : PLMD::lepton::Operation
• ACOT : PLMD::lepton::Operation
• ACOTH : PLMD::lepton::Operation
• ACSC : PLMD::lepton::Operation
• ACSCH : PLMD::lepton::Operation
• Action() : PLMD::Action, PLMD::ActionOptions, PLMD::Keywords
• action : PLMD::FileBase, PLMD::function::FilesHandler, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::Vessel, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• action_pntr_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• ActionAnyorder() : PLMD::ActionAnyorder
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms
• actionIsBridged : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• ActionRegister : PLMD::ActionOptions
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• actions : PLMD::Atoms
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• actionSet_fwd : PLMD::PlumedMain
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionShortcut : PLMD::Action, PLMD::ActionShortcut
• ActionVolume() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithAveraging() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithInputGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::GridVessel
• ActionWithInputMatrix() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• ActionWithInputVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionWithIntegral() : PLMD::gridtools::ActionWithIntegral
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Value
• ActionWithVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Atoms, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action, PLMD::DataFetchingObject, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::ves::CoeffsBase
• activateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• activated : PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• activateIndices() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• activateParseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• activateThesePoints() : PLMD::gridtools::GridVessel
• activations : PLMD::function::annfunc::ANN
• active : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::PlumedMain, PLMD::ves::CoeffsBase
• active_der : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• active_elements : PLMD::adjmat::Sprint
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• adamw_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• adaptation_ : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• adaptive_counter_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_random_search() : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_sigma_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_stride_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• AdaptiveHillsType : PLMD::FlexibleBin
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• ADD : PLMD::lepton::Operation
• Add() : PLMD::lepton::Operation::Add
• add() : PLMD::ActionRegister, PLMD::Atoms, PLMD::CLToolRegister, PLMD::Keywords, PLMD::MetricRegister, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::VesselRegister
• ADD_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• addActionThatUses() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• addArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addBlockEnd() : PLMD::PDB
• addBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::ReferenceValuePack
• addBridgeForces() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addBridgingVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addColvar() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• addComDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::function::Function
• addConnectionDerivatives() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation::AddConstant
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• addDependency() : PLMD::Action
• addDerivative() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::MultiValue, PLMD::Value
• addDerivativesOnMatrixElement() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addDirection() : PLMD::Direction
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addForcesOnAtoms() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addIndexToList() : PLMD::DynamicList< T >
• addKernel() : PLMD::GridBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addOneKernelAtATime : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addOneKernelEachTimeOnly() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addref : PLMD::generic::WholeMolecules
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addTaskToList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addTemporyAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyDerivative() : PLMD::MultiValue
• addTemporyValue() : PLMD::MultiValue
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToGridElement() : PLMD::gridtools::GridVessel
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::MultiValue, PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::function::Function
• addVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• addVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• adj_list : PLMD::adjmat::DFSClustering, PLMD::adjmat::OutputCluster
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• AdjacencyMatrixVessel : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• advanceField() : PLMD::IFile
• after : PLMD::Action
• afterCalculate_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• ALA : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ALA_BB : PLMD::isdb::SAXS
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• AlignedMatrixBase() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase
• alignment : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• AlignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all_deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_values : PLMD::dimred::SketchMapRead
• all_values_inside : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• allArguments : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allow_bias_cutoff_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass, PLMD::PDB
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• allowToAccessGlobalForces() : PLMD::ActionAtomistic
• allthirdblockintasks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• allWereDeactivated : PLMD::DynamicList< T >
• ALPHA : PLMD::funnel::Funnel
• alpha : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::crystallization::Fccubic, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• alpha_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alpha_vector_ : PLMD::eds::EDS
• alpha_vector_2_ : PLMD::eds::EDS
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• alphaOfile_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• alphas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AltMin() : PLMD::vesselbase::AltMin
• AM : PLMD::Random
• amsgrad_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• AnalysisBase() : PLMD::analysis::AnalysisBase
• anchor : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• angleSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• ANN() : PLMD::function::annfunc::ANN
• anneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• annealing() : PLMD::maze::Memetic
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• API : PLMD::generic::Plumed
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::adjmat::Sprint, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Committor, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::bias::Bias, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::function::Function, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::Group, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::ActionWithIntegral, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Selector, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::Pbc, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• apply_weights : PLMD::bias::MaxEnt
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyBridgeForces() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• applyFilter() : PLMD::multicolvar::FilterBetween, PLMD::multicolvar::FilterLess, PLMD::multicolvar::FilterMore, PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• applyForce() : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::AveragingVessel, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::ValueVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• applyForces() : PLMD::ActionAtomistic
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• approach : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• areConnected() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ClusteringBase
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ARG : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ARG_BB : PLMD::isdb::SAXS
• arg_data : PLMD::PDB
• arg_der_index : PLMD::ReferenceArguments
• arg_names : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::ReferenceArguments
• ARG_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ARG_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::GridBase, PLMD::PDB
• args : PLMD::analysis::DataCollectionObject, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::TargetDist
• args_ : PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::ves::CoeffsBase
• args_pntrs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• argT_derivf_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• argument_names : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• ArgumentOnlyDistance() : PLMD::ArgumentOnlyDistance
• arguments : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• argv : PLMD::CLToolMain
• argValues : PLMD::lepton::CompiledExpression
• ASEC : PLMD::lepton::Operation
• ASECH : PLMD::lepton::Operation
• ASIN : PLMD::lepton::Operation
• Asin() : PLMD::lepton::Operation::Asin
• ASINH : PLMD::lepton::Operation
• AsmJitRuntimePtr() : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
• ASN : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ASN_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ASN_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ASP : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ASP_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ASP_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• Assertion() : PLMD::Exception::Assertion
• assertion : PLMD::Exception::Assertion
• assign() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• assignTags() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• asyncSent : PLMD::Atoms
• at : PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::UWalls, PLMD::manyrestraints::LWalls, PLMD::manyrestraints::UWalls
• ATAN : PLMD::lepton::Operation
• Atan() : PLMD::lepton::Operation::Atan
• ATAN2 : PLMD::lepton::Operation
• Atan2() : PLMD::lepton::Operation::Atan2
• ATANH : PLMD::lepton::Operation
• atLeastOneSet : PLMD::MultiValue
• atm_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atoi : PLMD::isdb::SAXS
• atom : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• Atom0 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• Atom1 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• atom_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• atom_der_index : PLMD::ReferenceAtoms
• atom_indices : PLMD::ReferenceValuePack
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atom_lab : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atom_numbers : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomNames_ : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• AtomResidueName : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• Atoms() : PLMD::Atoms
• atoms : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GREX, PLMD::Keywords::KeyType, PLMD::PlumedMain, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms_fwd : PLMD::PlumedMain
• atoms_masses : PLMD::isdb::SAXS
• atoms_per_bead : PLMD::isdb::SAXS
• atomsin : PLMD::adjmat::OutputCluster
• atomsNeeded : PLMD::Atoms
• atomsWereRetrieved : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• AtomValuePack() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• aux_coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• auxiliaryConstructor() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• av_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_cv_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_d2V_dAlpha2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_prod_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_M2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_stride_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• available() : PLMD::Subprocess
• aver_counters : PLMD::ves::VesBias
• aver_gradient_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• Average() : PLMD::analysis::Average
• average : PLMD::FlexibleBin
• average_weights_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• average_weights_stride_ : PLMD::isdb::Metainference
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• AverageOnGrid() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector
• AverageVessel() : PLMD::analysis::AverageVessel
• averaging_counter : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_exp_decay_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• AveragingVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging, PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• aves : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• avg_counter : PLMD::bias::MaxEnt
• avg_coupling_count_ : PLMD::eds::EDS
• avglambda : PLMD::bias::MaxEnt
• avglambda_restart : PLMD::bias::MaxEnt
• avgstep : PLMD::bias::MaxEnt
• avgx : PLMD::bias::MaxEnt
• ax : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >